建立科室成本管控体系，是加强现代化医院管理科学化、专业化、精细化的重要手段。强化管控分析成本范畴内涵管理成本是为了完成特定的成本管理目的，如成本预测、成本决策、成本计划、成本控制、成本分析和成本考核等，提供有用的成本管理信息。它是在充分动员和组织全体人员，在保证质量的前提下，对整个运营过程的各个环节要求科学合理的管理，力求以最少的耗费取得最大的经营效果，它要求系统而全面、科学和合理。责任成本是以具体的责任部门为对象，以其承担的责任为范围所归集的成本，也就是责任单位当期发生的可控成本之和。责任成本是按照谁负责谁承担的原则，通过将责任成本与标准成本或目标成本进行比较，确定成本管理、控制的任务。

根据责任成本管理目的不同，可将医院责任部门划分为利润中心、准利润中心、准成本中心、成本中心。在全成本核算系统中，可以计算出临床服务类科室的收入、成本及结余情况，科室负责人应对本部门的业务量、收入和成本进行合理预测、控制，因此该类科室应作为利润中心控制。确定目标设计成本管控指标，科室成本管控指标设计的原则包括全面性、重要性、收支配比、因地制宜和SMART原则（具体化、可度量、可实现性、相关性、时间要求）等临床、医技类科室是直接为患者提供服务的部门，是医院的主要创收科室，在医院中起到了主要作用，自然在成本消耗上也占据较大的比重，所以要重点关注。医辅、行管类科室虽然没有直接为患者服务，但间接参与了为患者服务的过程，其服务的价值通过直接科室的服务得以体现，成本分摊到直接科室上，最终通过医疗服务项目收费得到补偿。过程监控建立成本管控流程，医院要统一领导，健全组织机构，明确工作职责，合理划分成本核算单元，确定及规范业务流程，整合医院信息系统，确保以医院成本控制为基础的经济与运营管理控制体系。成本控制应实行院长负责制，成立由各级分管部门负责人为成员的成本控制领导小组，建立以财务部门为中心、成本会计人员具体负责、相关部门进行协作的工作运行机制。财务部门负责成本管理的主体作用，各临床、医技、医辅和行政科室履行成本控制的职责，按照“全员参与”原则，将指标分解落实到各部门、各岗位人员共同实施。全面成本管控流程包括成本目标制定、成本审批、成本执行控制、成本分析、成本反馈考核等环节。科室全成本核算实现了对各项成本消耗的详细控制以及资源优化配置、投入产出的详细分析，同时实现了对各科室真实经营状况的了解，为科学编制预算计划、跟踪预算执行提供现实数据，为医院的绩效考评体系提供考评依据，从而贯穿成本核算、分析、控制、预测、计划及成本考核的全过程。